Tarihi çok eskilere dayanan Karataş, askeri ve ticari yollar üstünde kurulmuştur. M.Ö. 1900'lü yıllarda Arvaza ve Huri Krallıklarının, M.Ö. 1530'lu yıllardan sonra da Hitit Krallığı'nın idaresine girmiştir. M.Ö. 1200'lerde önce Kue, sonra da Asur Krallığı'na geçmiştir. Pers, Selevkos, Roma, Bizans, İslam Arapları ve Selçuk Türkleri devirlerini yaşamıştır. Antik devirlerinde "Magarsos" olarak bilinen bu yöre, ortaçağlardan itibaren "Karataş" olarak bilinmektedir.

Bir koloni şehri olarak kurulan Magarsous'u Grek, Roma ve Bizans dönemlerinde önemli bir iskan yeri olan bölgenin en önemli değerini, tamamı toprak altında kalan ve üzerinde tarım yapılan amfi tiyatronun bulunduğu alan oluşturmaktadır.

Coğrafî durumunun avantajıyla Karataş İlkçağlarda işlek bir liman olarak büyük önem taşımaktaydı. Çünkü denize bir çıkıntı teşkil eden tepe, silsilesinin yanındaki adacıklar ön kale ve dalgakıran halinde korunaklı ve emin bir koy meydana getiriyordu. Şehrin sarp mevkii ise korunma düzeninin alınması bakımından doğal imkanlar sağlamakaydı.

Magarsos ismiyle anılan eski Karataş şimdikinin takriben beş kilometre batısında, fenerin bulunduğu sırt üzerinde kurulu idi. Bugün harabelerin bulunduğu alan, Magarsos'un limana hâkim muhteşem kalesi ile denize nazır amfi tiyatrosu ve Minerva mabedi yükseliyordu.

Stratejik bir konuma sahip, ve bir çok kavmin iştahını kabartan Magarsos aynı zamanda, Ceyhan nehri boyunca sıralanan; Mallos, Misis, Hemite ve Karatepe'ye kilit vazifesi görmekte idi. Önemi ve stratejik konumu dolayısıyla ki, Büyük İskender, Üçüncü Dara ile harbe giderken Tarsus'tan önce süvari kıtalarını Mallos'a gönderdikten sonra kendisi ayrı bir koldan Magarsos'a uğramış ve Athena ilahesine kurbanlar kesmişti.

Antik Kilikya birçok kavmin eline geçirmeye çalıştığı bir toprak parçasıydı. Bu 14. yüzyıl ortalarına kadar süre gitmiştir. Abbasiler zamanında da Müslümanlar buralara akınlar düzenlemişler, bu toprakları ele geçirmişler ve kaybetmişlerdi.

Magarsos hakında bir çok yazılı kaynakta bilgiler verilmektedir. Bunlardan Bağdatlı Ahmet ile İbn-ül Adim “Söylendiğine göre Kara Kilise Rumlar tarafından siyah taşlarla yapılmıştır. Burada harap olan şeyler arasında bir de kale vardır. Harun Reşit, Karataş’ın imarını, tahkimini ve iskânını emir eyledi ve buradaki mücahitlerin tahsisatına zam yaptı.” demektedir.

İbnul Adim de Mucemul Büldan adlı eserinde şöyle yazmaktadır. “Kara Kilise veyahut Yanık Kilise denen bu şehir eskidir. Rumlar tarafından siyah taşlarla bina edilmiştir. Sonradan yine onların hücumuyla yıkılmıştır ki, bundan dolayı kendisine Yanık Kilise denmiştir. Şimdi harap bir vaziyettedir. Burası aslında bir kale imiş; deniz kenarındadır. Eski şehir de siyah taşlarla Rumlar tarafından bir tepe üzerinde kurulmuş olup içinde bir kalesi vardır ki, bu da haraptır.”

Büyük Türk denizcisi piri reis ise 1517 yılında kaleme aldığı Kitab-ı Bahri adlı eserinde Karataş şu şekilde bahsetmektedir. “Cihan suyunun beri yanında Od kalesi dirler denize karşı yüce bir yerde bir harap kale vardır. Ol kalenin altında yani lodos tarafında bir adacık var. Ol adacığa Porto Melun dirler. Küçük gemiler mezkûr adacıkla kenar arasına girerler.”

1885 senesinde yazdığı Sissouan ou L'Armeno-Cilicie kitabında Alishan eski ve yeni Karataş'da gördüklerini şöyle belirtmektedir: “Antik Magarsus'un bulunduğu Karataş burnunun üstünde şimdi bir kaç harabe ile kuzey tarafında Sen Nikola adına yapılmış küçük bir kilise mevcuttur. Kubbesi 4 sütun üzerine kurulmuş olan bu kilisenin yanında mezar kapakları (lahit) ve biraz ilerisinde de eski bir hamam ile sarnıç görülmektedir. Kilisenin güneyinde bir şatoyu andıran kare şeklindeki yapı kılntısının sütunları durmaktadır. Burnun doğusunda, eskilerin Didime dedikleri, iki küçük adada bazı inşaat kalıntıları vardır. Sahilde büyük bir han ile, 50 hanesi Hıristiyanlara ait, Karataş köyü bulunmaktadır.”